陕西水环境工程勘测设计研究院历史较为悠久，前身是1960年成立的黄河水利委员会西北黄河工程局技术科，1962年归属于陕西省三门峡库区管理局。1979年，成立陕西省三门峡库区管理局规划设计队；1986年，更名为陕西省三门峡库区勘测设计队；1997年3月更名为陕西省三门峡库区勘测设计院；1998年与三管局水文局淤积测验队进行资产人员重组，2001年8月从渭南搬迁到西安；2002年10月，更名为陕西水环境工程勘测设计研究院。
  陕西水环境工程勘测设计研究院原是国家事业单位，自1999年起实现自收自支的企业化管理模式，是主要从事水利工程勘测设计的技术服务型企业。经济性质为“集体所有制”。
  水环境设计院隶属于陕西省江河水库管理局。院设有行政管理部、市场研发部、生产技术部、财务审计部、设计一所、设计二所、设计三所、测绘公司、岩土与地理信息室9个部门，另专门设有陕西省防汛抢险救生船队。
  2002年成立了长安大学国土资源学院研究生培养基地，2007年成立西安理工大学水利工程硕士研究生培养基地。2007年4月，以设计院为基础，组建成立了“黄河勘测规划设计有限公司西安分公司”，与设计院共同运营。同时下设江河咨询有限公司、迪飞科技公司和美达服务中心。
  设计院打造以创新型、精细化、团队型、服务型、执行力为主要内容的企业文化，树立“精心设计、精细管理、精诚服务”的全员服务理念，弘扬“严格、认真、主动、高效”的敬业精神，更好营建设计院和谐、进取、平等、稳定的工作环境。